AT1G15510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pentatricopeptide repeat protein required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EARLY CHLOROPLAST BIOGENESIS2 (ECB2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT4G18750.1); Has 49765 Blast hits to 13993 proteins in 266 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 64; Fungi - 140; Plants - 48782; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 773 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5329111..5331711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 97702.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 866 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSAQSPHF YLNPGKSNSF QSKAYKQRNV NFYWNFGIRR LFLRKSQGLS VLSSSSSSTH FSNSQLHGLC ANGKLEEAMK LLNSMQELRV AVDEDVFVAL 101: VRLCEWKRAQ EEGSKVYSIA LSSMSSLGVE LGNAFLAMFV RFGNLVDAWY VFGKMSERNL FSWNVLVGGY AKQGYFDEAM CLYHRMLWVG GVKPDVYTFP 201: CVLRTCGGIP DLARGKEVHV HVVRYGYELD IDVVNALITM YVKCGDVKSA RLLFDRMPRR DIISWNAMIS GYFENGMCHE GLELFFAMRG LSVDPDLMTL 301: TSVISACELL GDRRLGRDIH AYVITTGFAV DISVCNSLTQ MYLNAGSWRE AEKLFSRMER KDIVSWTTMI SGYEYNFLPD KAIDTYRMMD QDSVKPDEIT 401: VAAVLSACAT LGDLDTGVEL HKLAIKARLI SYVIVANNLI NMYSKCKCID KALDIFHNIP RKNVISWTSI IAGLRLNNRC FEALIFLRQM KMTLQPNAIT 501: LTAALAACAR IGALMCGKEI HAHVLRTGVG LDDFLPNALL DMYVRCGRMN TAWSQFNSQK KDVTSWNILL TGYSERGQGS MVVELFDRMV KSRVRPDEIT 601: FISLLCGCSK SQMVRQGLMY FSKMEDYGVT PNLKHYACVV DLLGRAGELQ EAHKFIQKMP VTPDPAVWGA LLNACRIHHK IDLGELSAQH IFELDKKSVG 701: YYILLCNLYA DCGKWREVAK VRRMMKENGL TVDAGCSWVE VKGKVHAFLS DDKYHPQTKE INTVLEGFYE KMSEVGLTKI SESSSMDETE ISRDEIFCGH 801: SERKAIAFGL INTVPGMPIW VTKNLSMCEN CHDTVKFISK TVRREISVRD AEHFHHFKDG ECSCGD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)