AT1G13930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in response to salt stress. Knockout mutants are hypersensitive to salt stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, plasma membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nodulin-related protein 1 (TAIR:AT2G03440.1); Has 64 Blast hits to 64 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 3; Plants - 61; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4761091..4761558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16164.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 155 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNFISDQVKK LSSSTPEEPD HNKPVEGTET ATRPATNAEL MASAKVVAEA AQAAARNESD KLDKGKVAGA SADILDAAEK YGKFDEKSST GQYLDKAEKY 101: LNDYESSHST GAGGPPPPTS QAEPASQPEP AAKKDDEESG GGLGGYAKMA QGFLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)