AT1G11530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.438 extracellular 0.274 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C-terminal cysteine residue is changed to a serine 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a monocysteinic thioredoxin, thioredoxin in which the second cysteine of the redox site is replaced by a serine, with low disulfide reductase but efficient disulfide isomerase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
C-terminal cysteine residue is changed to a serine 1 (CXXS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: thioredoxin H-type 1 (TAIR:AT3G51030.1); Has 9365 Blast hits to 9347 proteins in 2322 species: Archae - 165; Bacteria - 5071; Metazoa - 947; Fungi - 584; Plants - 1098; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1500 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3874518..3875311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13335.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 118 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARVVKIDSA ESWNFYVSQA KNQNCPIVAH FTALWCIPSV FMNSFFEELA FNYKDALFLI VDVDEVKEVA SQLEVKAMPT FLFLKDGNAM DKLVGANPDE 101: IKKRVDGFVQ SSRVVHIA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)