AT1G10560.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.516 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : plant U-box 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing a UND, a U-box, and an ARM domain. This protein has E3 ubiquitin ligase activity based on in vitro assays. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
plant U-box 18 (PUB18); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, LP.10 ten leaves visible, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT1G60190.1); Has 3089 Blast hits to 2773 proteins in 228 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 252; Fungi - 338; Plants - 2172; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 302 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3484613..3486706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 76999.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 697 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIHTKTGSGR RILTFPTVEP SESISIVTLL DSLIQLAGDI LTFKSKHFST NKQSFRETLR RIQNLLVVFE EIRIRIRNSR RYFHDSAAAS SLKEIHVGFQ 101: KLKFLLEDCT RDGARLCMMM NSDQVSDHLR VLTRSISTSL SAFPVASVDL TTEVNELIDL VVRQARKYGV QPETNDKRAV SSINRILALF VNRVVPDPDE 201: INRILDHVGI RKWGDCVKEI NFLGEEIDAE RLDEKKKKSS DQVELLSSLM GFICYCRCII LGRIERDDHH NHHEDGIKKD HDLIRGLKVE DLLCPISLEI 301: MTDPVVIETG HTYDRSSITK WFGSGNITCP ITGKILTSTE LVDNVSVRQV IRKHCKTNGI VLAGISRRRK SHDDVVPESL AAKGAGKLIA KFLTSELING 401: GEEMIYRAVR EIRVQTKTSS FNRSCLVKAG AVTPLLKLLS SVDIRIQENA MAGILNLSKH VTGKSKIAGE GLKILVEILN EGAKTETRLY SASALFYLSS 501: VEDYSRLIGE NPDAIPGLMN IVKGDDYGDS AKRSALLAVM GLLMQSDNHW RVLAAGAVPI LLDLLRSGEI SGGLTADCLA TLAKLAEYPD GTIGVIRRGG 601: LKLAVKILSS SEDSPVAVKQ HCVGLILNLC LNGGRDVVGV LVKNSLVMGS LYTVLSNGEY GGSKKASALI RMIHEFQERK TGSVEPNLQR GRFVHAW |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)