AT1G09160.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein phosphatase 2C family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protein phosphatase 2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein phosphatase 2C family protein (TAIR:AT1G68410.2); Has 5570 Blast hits to 5569 proteins in 486 species: Archae - 4; Bacteria - 416; Metazoa - 1194; Fungi - 467; Plants - 2390; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 1092 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2953199..2955059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45782.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 428 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVSKASRTQ HSLVPLATLI GRELRSEKVE KPFVKYGQAA LAKKGEDYFL IKTDCERVPG DPSSAFSVFG IFDGHNGNSA AIYTKEHLLE NVVSAIPQGA 101: SRDEWLQALP RALVAGFVKT DIEFQQKGET SGTTVTFVII DGWTITVASV GDSRCILDTQ GGVVSLLTVD HRLEENVEER ERITASGGEV GRLNVFGGNE 201: VGPLRCWPGG LCLSRSIGDT DVGEFIVPIP HVKQVKLPDA GGRLIIASDG IWDILSSDVA AKACRGLSAD LAAKLVVKEA LRTKGLKDDT TCVVVDIVPS 301: GHLSLAPAPM KKQNPFTSFL SRKNHMDTNN KNGNKLSAVG VVEELFEEGS AVLADRLGKD LLSNTETGLL KCAVCQIDES PSEDLSSNGG SIISSASKRW 401: EGPFLCTICK KKKDAMEGKR PSKGSVTT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)