AT1G03365.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G03000.2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:827182..830191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91542.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 823 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIVQKQEEM NGCGLNVDKV EAFTVSPQEK GRKNKRKLAD PSQPNASSLT EFPPYELPSL KPQNHLSGNG SVGEVSNQLQ VEVSESVEWD DPFACHLEEL 101: LSSNLLTLFL DTMKQLIDLG YTDDEVLKAV SRCRLYCGGN NLLSNIVNNT LSALKTGDEG AGSGDYVFED LQQLVSYTLV EMISLIKEVR PSLSTVEAMW 201: RLLMCDLNVL QAFEAEGDGL VSSSKLSDSE SLGAESNPPK SSDPDNPKPP QSDPQSNRNE PLKFGNFPNT PNSKKTQSSG TTPGKEVCSG STVSCQGMRS 301: TSFTLVSDEK LVSCRKGRTK KEIAMLRQKS CVEKIRTYSK GSGYKAAKFA SVGSFLLEKR VKSSSEFVPR NSSSKITAEI GVKVSLAEDS GCFVRKNSKL 401: DSPVVVVDAK GYITALPARS VKSASKKKTG SESVTLIPSA SEKKSDSSIP STSEKKSGSE SEEKASVSAK LAPDYYAGIP YDAALGIYVP RDKKDELILK 501: LVPRVNDLQN ELQVWTDWAN QKVKEATGRL LKDQPELKAL RKEREEAEQY KKEKQLLEEN TRKRLSEMDF ALKNATSQLE KAFNTAHRLE LEQSILKKEM 601: EAAKIKAVES AESFREAKER GERSLKDIHS WEGQKIMLQE ELKGQREKVT VLQKEVTKAK NRQNQIEAAL KQERTAKGKL SAQASLIRKE TKELEALGKV 701: EEERIKGKAE TDVKYYIDNI KRLEREISEL KLKSDYSRII ALKKGSSESK ATKRESLGMP KVKRERECVM CLSEEMSVIF LPCAHQVLCF KCNQLHEKEG 801: MMDCPSCRGT IHRRIQARFA RSG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)