AT1G01660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: U-box domain-containing protein kinase family protein (TAIR:AT2G45910.1); Has 73160 Blast hits to 42540 proteins in 2253 species: Archae - 866; Bacteria - 9091; Metazoa - 34168; Fungi - 4977; Plants - 4797; Viruses - 224; Other Eukaryotes - 19037 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:240057..242608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66039.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 568 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAELMAMGND VVHVAVKSDV RESRSTLLWA LRNLGAKKVC ILHVYQPKTA SPAARKLEEL EAIMYETLHD YFDFCQQEGV NEDDIYISCI EMNDVKQGIL 101: ELIHESKIKK LVMGAASDHH YSEKMFDLKS RKAKYVYQHA PSSCEVMFMC DGHLIYTKEA NLEDCMGETE SEAGQSKPKL YSSASPKCSA ELVSAIVAYI 201: DTRRDRDMLE PNASEDQSES DRNDQLYRQL KQALMEVEES KREAYEECVR RFKAENTAVE AIRSAREYEA MYNEEAKLRK EGKEALAKQR KMVEKTKQER 301: DDALIIILNG RKLYNEELRR RVEAEEMLGK EKEEHERTKK EIEEVRAIVQ DGTLYNEQLR HRKEMEESMK RQEEELEKTK KEKEEACMIS KNLMQLYEDE 401: VRQRKEAEEL VKRRREELEK VKKEKEEACS VGQNFMRLYE EEARRRKGTE EELSKVAAEK DAASSVCSEI LLLLQSYTRR HGTPSGFSDE DSVTRQPPSY 501: FICPISQEVM REPRVAADGF TYEAESLREW LDNGHETSPM TNLKLAHNNL VPNHALRSAI QEWLQRNS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)