AT5G60550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.861 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : geminivirus rep interacting kinase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a geminivirus Rep interacting kinase (GRIK; GRIK1/AT3G45240, GRIK2/AT5G60550). GRIKs are SnRK1 (SNF1-related kinases) activating kinases. Both GRIKs specifically bind to the SnRK1 catalytic subunit and phosphorylate the equivalent threonine residue in its activation loop in vitro. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
geminivirus rep interacting kinase 2 (GRIK2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase (InterPro:IPR020657), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: geminivirus rep interacting kinase 1 (TAIR:AT3G45240.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24340135..24342356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45654.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 407 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFRDSFLFAR TIGCFGCFGS SGSRNQQSPK PYDDDTHSCD SDVTSTARGE EEEDEEEVEQ KSRSKRSEEI LKYRLDNGLI CRHIPVRETN ELIRGEDENG 101: DKTINEYVRV CKIGSGSYGK VVLYRSTLDG QYYAIKAFHK SHLLRLRVAP SETAMSDVLR EVMIMKILEH PNIVNLIEVI DDPETDHFYM VLEYVDGKWV 201: YDGSGPPGAL GEKTARKYLR DIVTGLMYLH AHDVIHGDIK PDNLLVTSSG TVKIGDFSVS QVFKDDDDQL RRSPGTPVFT APECCLVSGI TYSGRAADTW 301: AVGVTLYCMI LGQYPFLADT LQDTYDKIVN NPLIIPDGLN PLLRDLIEGL LCKDPSQRMT LKNVSEHPWV IGEDGHVPEY FCWCKRNAAS KIEEGEANGI 401: SETSDPN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)