AT5G09660.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.821 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a microbody NAD-dependent malate dehydrogenase encodes an peroxisomal NAD-malate dehydrogenase that is involved in fatty acid beta-oxidation through providing NAD to the process of converting fatty acyl CoA to acetyl CoA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 2 (PMDH2); FUNCTIONS IN: malate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: regulation of fatty acid beta-oxidation, regulation of photorespiration; LOCATED IN: apoplast, chloroplast, peroxisome, vacuole, microbody; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), Malate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryote/gamma proteobacteria (InterPro:IPR010097), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), Malate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR001252), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 1 (TAIR:AT2G22780.1); Has 17207 Blast hits to 17205 proteins in 5456 species: Archae - 235; Bacteria - 12094; Metazoa - 1213; Fungi - 536; Plants - 740; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2389 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2993645..2995169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34977.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 333 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAKNSVIGR ENCRAKGGNP GFKVAILGAA GGIGQSLSLL MKMNPLVSLL HLYDVVNAPG VTADVSHMDT GAVVRGFLGA KQLEDALTGM DLVIIPAGIP 101: RKPGMTRDDL FKINAGIVKT LCEGVAKCCP NAIVNLISNP VNSTVPIAAE VFKKAGTYDP KKLLGVTTLD VARANTFVAE VLGLDPREVD VPVVGGHAGV 201: TILPLLSQVK PPSSFTPQEI EYLTNRIQNG GTEVVEAKAG AGSATLSMAY AAAKFADACL RGLRGDANVV ECSFVASQVT ELAFFATKVR LGRTGAEEVY 301: QLGPLNEYER IGLEKAKDEL AGSIQKGVEF IRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)