AT5G04430.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : binding to TOMV RNA 1L (long form) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Gene model AT5G04430.1 produces active protein. (BTS1S). Binds to ToMV genomic RNA and prevents viral multiplication. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
binding to TOMV RNA 1L (long form) (BTR1L); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), K Homology (InterPro:IPR004087), K Homology, type 1 (InterPro:IPR004088); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding KH domain-containing protein (TAIR:AT5G15270.1); Has 5613 Blast hits to 2614 proteins in 213 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 3980; Fungi - 530; Plants - 787; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 308 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1250602..1253523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36020.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESTESYAAG SPEELAKRSP EPHDSSEADS AEKPTHIRFL VSNAAAGSVI GKGGSTITEF QAKSGARIQL SRNQEFFPGT TDRIIMISGS IKEVVNGLEL 101: ILDKLHSELH AEDGNEVEPR RRIRLVVPNS SCGGIIGKGG ATIKSFIEES KAGIKISPLD NTFYGLSDRL VTLSGTFEEQ MRAIDLILAK LTEDDHYSQN 201: VHSPYSYAGL FYSGFHGPPY AYALPSVATA GYNSVNYAPN GSGGKYQNHK EEASTTVTIG VADEHIGLVL GRGGRNIMEI TQMTGARIKI SDRGDFMSGT 301: TDRKVSITGP QRAIQQAETM IKQKVDSATE RTTD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)