AT4G21280.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem II subunit QA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the PsbQ subunit of the oxygen evolving complex of photosystem II. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photosystem II subunit QA (PSBQA); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: response to light stimulus, peptidyl-cysteine S-nitrosylation, response to light intensity; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast photosystem II, chloroplast, oxygen evolving complex; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II oxygen evolving complex protein PsbQ (InterPro:IPR008797), Twin-arginine translocation pathway, signal sequence (InterPro:IPR006311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem II subunit Q-2 (TAIR:AT4G05180.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11334446..11335587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23867.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 224 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASMGGLHGA SPAVLEGSLK INGSSRLNGS GRVAVAQRSR LVVRAQQSEE TSRRSVIGLV AAGLAGGSFV QAVLADAISI KVGPPPAPSG GLPAGTDNSD 101: QARDFALALK DRFYLQPLPP TEAAARAKES AKDIINVKPL IDRKAWPYVQ NDLRSKASYL RYDLNTIISS KPKDEKKSLK DLTTKLFDTI DNLDYAAKKK 201: SPSQAEKYYA ETVSALNEVL AKLG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)