AT2G40140.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (CCCH-type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CZF1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: salt-inducible zinc finger 1 (TAIR:AT3G55980.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16772537..16774330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66156.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 597 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCGAKSNLCS SKTLTEVEFM RQKSEDGASA TCLLEFAACD DLSSFKREIE ENPSVEIDES GFWYCRRVGS KKMGFEERTP LMVAAMYGSM EVLNYIIATG 101: RSDVNRVCSD EKVTALHCAV SGCSVSIVEI IKILLDASAS PNCVDANGNK PVDLLAKDSR FVPNQSRKAV EVLLTGIHGS VMEEEEEELK SVVTKYPADA 201: SLPDINEGVY GTDDFRMFSF KVKPCSRAYS HDWTECPFVH PGENARRRDP RKYPYTCVPC PEFRKGSCPK GDSCEYAHGV FESWLHPAQY RTRLCKDETG 301: CARRVCFFAH RRDELRPVNA STGSAMVSPR SSNQSPEMSV MSPLTLGSSP MNSPMANGVP LSPRNGGLWQ NRVNSLTPPP LQLNGSRLKS TLSARDMDME 401: MELRFRGLDN RRLGDLKPSN LEETFGSYDS ASVMQLQSPS RHSQMNHYPS SPVRQPPPHG FESSAAMAAA VMNARSSAFA KRSLSFKPAP VASNVSDWGS 501: PNGKLEWGMQ RDELNKLRRS ASFGIHGNNN NSVSRPARDY SDEPDVSWVN SLVKENAPER VNERVGNTVN GAASRDKFKL PSWAEQMYID HEQQIVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)