AT2G38280.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP deaminase, putative / myoadenylate deaminase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with in vitro AMP deaminase activity that is involved in embryogenesis. Homozygous mutant embryos fail to develop past the zygote stage. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYONIC FACTOR1 (FAC1); FUNCTIONS IN: AMP deaminase activity; INVOLVED IN: purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: cytosol, nucleus, microsome; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Adenosine/AMP deaminase (InterPro:IPR001365), Adenosine/AMP deaminase active site (InterPro:IPR006650), AMP deaminase (InterPro:IPR006329); Has 1191 Blast hits to 1128 proteins in 362 species: Archae - 0; Bacteria - 226; Metazoa - 390; Fungi - 271; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 226 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16033767..16038793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95134.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 839 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPNIYQLAL AALFGASFVA VSGFFMHFKA LNLVLERGKE RKENPDGDEP QNPTLVRRRS QVRRKVNDQY GRSPASLPDA TPFTDGGGGG GGDTGRSNGH 101: VYVDEIPPGL PRLHTPSEGR ASVHGASSIR KTGSFVRPIS PKSPVASASA FESVEESDDD DNLTNSEGLD ASYLQANGDN EMPADANEEQ ISMAASSMIR 201: SHSVSGDLHG VQPDPIAADI LRKEPEQETF VRLNVPLEVP TSDEVEAYKC LQECLELRKR YVFQETVAPW EKEVISDPST PKPNTEPFAH YPQGKSDHCF 301: EMQDGVVHVF ANKDAKEDLF PVADATAFFT DLHHVLKVIA AGNIRTLCHR RLVLLEQKFN LHLMLNADKE FLAQKSAPHR DFYNVRKVDT HVHHSACMNQ 401: KHLLRFIKSK LRKEPDEVVI FRDGTYLTLR EVFESLDLTG YDLNVDLLDV HADKSTFHRF DKFNLKYNPC GQSRLREIFL KQDNLIQGRF LGEITKQVFS 501: DLEASKYQMA EYRISIYGRK MSEWDQLASW IVNNDLYSEN VVWLIQLPRL YNIYKDMGIV TSFQNILDNI FIPLFEATVD PDSHPQLHVF LKQVVGFDLV 601: DDESKPERRP TKHMPTPAQW TNAFNPAFSY YVYYCYANLY VLNKLRESKG MTTITLRPHS GEAGDIDHLA ATFLTCHSIA HGINLRKSPV LQYLYYLAQI 701: GLAMSPLSNN SLFLDYHRNP FPVFFLRGLN VSLSTDDPLQ IHLTKEPLVE EYSIAASVWK LSACDLCEIA RNSVYQSGFS HALKSHWIGK DYYKRGPDGN 801: DIHKTNVPHI RVEFRDTIWK EEMQQVYLGK AVISDEVVP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)