AT1G20050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.877 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C-8,7 sterol isomerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
C-8 sterol isomerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HYDRA1 (HYD1); FUNCTIONS IN: C-8 sterol isomerase activity; INVOLVED IN: sterol biosynthetic process; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Emopamil-binding (InterPro:IPR007905); Has 377 Blast hits to 377 proteins in 112 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 119; Fungi - 175; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 24 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6949160..6950135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25147.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 223 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEELAHPYVP RDLNLPGYVP ISMSMSSIVS IYLGSSLLVV SLVWLLFGRK KAKLDKLLMC WWTFTGLTHV ILEGYFVFSP EFFKDNTSAY LAEVWKEYSK 101: GDSRYVGRDS AVVSVEGITA VIVGPASLLA IYAIAKEKSY SYVLQLAISV CQLYGCLVYF ITAILEGDNF ATNSFYYYSY YIGANCWWVL IPSLISFRCW 201: KKICAAAAIA NNNVETKTKK KTR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)