AT2G25520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Drug/metabolite transporter superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Drug/metabolite transporter superfamily protein; FUNCTIONS IN: organic anion transmembrane transporter activity; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF6, transmembrane (InterPro:IPR000620), Protein of unknown function DUF250 (InterPro:IPR004853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleotide-sugar transporter family protein (TAIR:AT4G32390.1); Has 2445 Blast hits to 2439 proteins in 251 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 512; Fungi - 442; Plants - 1237; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 243 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:10860950..10861993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38662.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKGRALSDG VIKKIILSYT YVAIWIFLSF TVIVYNKYIL DKKMYNWPFP ITLTMIHMGF CSSLAVILIK VFKVVEPVSM SRETYLRSVV PIGALYSLSL 101: WLSNSAYIYL SVSFIQMLKA LMPVAVYSIG VLLKKETFKS QTMTNMLSIS FGVAIAAYGE AKFDGWGVFL QLGAVAFEAT RLVLIQILLT SKGINLNPIT 201: SLYYVAPCCL VFLSVPWIFV EFPVLRDTSS FHFDFVIFGT NSVCAFALNL AVFLLVGKTS ALTMNVAGVV KDWLLIAFSW SVIKDTVTPI NLFGYGLAFL 301: GVGYYNHCKL QALKAKDAQK KVQASDDEAG KLLEERESEA KRNETQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)