AT1G08200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative UDP-D-apiose/UPD-D-xylose synthetase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2 (AXS2); FUNCTIONS IN: UDP-glucuronate decarboxylase activity; INVOLVED IN: nucleotide-sugar biosynthetic process; LOCATED IN: apoplast, cytoplasm; EXPRESSED IN: fruit, guard cell, cultured cell, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1 (TAIR:AT2G27860.1); Has 18414 Blast hits to 18403 proteins in 2616 species: Archae - 518; Bacteria - 11662; Metazoa - 253; Fungi - 80; Plants - 1043; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 4846 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2574259..2576609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43792.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 389 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANGADRLDL DGKPIKPMTI CMIGAGGFIG SHLCEKLMTE TPHKVLALDV YNDKIKHLLE PDTVQWAGRI QFHRINIKHD SRLEGLIKMA DLTINLAAIC 101: TPADYNTRPL DTIYSNFIDA LPVVKYCSEN NKRLIHFSTC EVYGKTIGSF LPKDHPLRQD PEFYVLKEDI SPCIFGSIEK QRWSYACAKQ LIERLVYAEG 201: AENGLEFTIV RPFNWIGPRM DFIPGIDGPS EGVPRVLACF SNNLLRREPL KLVDGGESQR TFIYIKDAIE AVLLMIENPE RANGHIFNVG NPNNEVTVRQ 301: LAEMMTEVYA KVSGETAIES PTIDVSSKEF YGEGYDDSDK RIPDMTIINR QLGWNPKTSL WDLLESTLTY QHTTYAEAIK KATSKPVAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)