AT1G56050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP-binding protein-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GTP-binding protein-related; FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF933 (InterPro:IPR013029), TGS-like (InterPro:IPR012676), GTP1/OBG (InterPro:IPR006073), Conserved hypothetical protein CHP00092 (InterPro:IPR004396), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP binding (TAIR:AT1G30580.1); Has 18400 Blast hits to 18396 proteins in 3002 species: Archae - 377; Bacteria - 10244; Metazoa - 785; Fungi - 603; Plants - 304; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6087 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20963793..20966181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45631.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARAACSSVV TAMALLPSKS LLCRNQLLFS GNSKFVGVLT LQKRCFSSKV SMSLKAGIVG LPNVGKSTLF NAVVENGKAQ AANFPFCTIE PNVGIVAVPD 101: SRLQVLSKLS GSQKTVPASI EFVDIAGLVK GASQGEGLGN KFLSHIREVD SILQVVRCFE DNDIIHVNGK VDPKSDIDVI NLELIFCDLD QIGKRIERLK 201: KGKAKDSQSK VKEEAEKSAL ERIQEALLEG KPARSVALSD LEMEVVKHLC LLTMKPMIYV ANVAETDLAE PEKNAYVEEV KGLSSDLQSG HVVVSAQVES 301: ELTELPLEER TEYLNSLGVS ESGLGNLIRA TYSLLGLQTY FTSGEKETRA WTIHAGMTAP QAAGVIHSDF EKGFIRAETV AYEDFVTAGS IAAAREKGLL 401: RSEGKEYIVK EGDVMLFRFN V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)