AT1G04610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.992 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : YUCCA 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
YUCCA 3 (YUC3); FUNCTIONS IN: NADP or NADPH binding, oxidoreductase activity, FAD binding, flavin-containing monooxygenase activity; INVOLVED IN: auxin biosynthetic process; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II (InterPro:IPR000103), FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase (InterPro:IPR013027), Flavin-containing monooxygenase-like (InterPro:IPR020946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: YUCCA 7 (TAIR:AT2G33230.1); Has 9657 Blast hits to 9637 proteins in 1196 species: Archae - 33; Bacteria - 4899; Metazoa - 784; Fungi - 1494; Plants - 670; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1777 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1279524..1281331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48750.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYGNNNKKSI NITSMFQNLI PEGSDIFSRR CIWVNGPVIV GAGPSGLAVA AGLKREGVPF IILERANCIA SLWQNRTYDR LKLHLPKQFC QLPNYPFPDE 101: FPEYPTKFQF IQYLESYAAN FDINPKFNET VQSAKYDETF GLWRVKTISN MGQLGSCEFE YICRWIVVAT GENAEKVVPD FEGLEDFGGD VLHAGDYKSG 201: GRYQGKKVLV VGCGNSGMEV SLDLYNHGAN PSMVVRSAVH VLPREIFGKS TFELGVTMMK YMPVWLADKT ILFLARIILG NTDKYGLKRP KIGPLELKNK 301: EGKTPVLDIG ALPKIRSGKI KIVPGIIKFG KGKVELIDGR VLEIDSVILA TGYRSNVPSW LKDNDFFSDD GIPKNPFPNG WKGEAGLYAV GFTRKGLFGA 401: SLDAMSVAHD IANRWKEESK QQKKTAAARH RRCISHF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)