AT5G65620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zincin-like metalloproteases family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zincin-like metalloproteases family protein; FUNCTIONS IN: metalloendopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cytosol, chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M3A/M3B, thimet/oligopeptidase F (InterPro:IPR001567); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zincin-like metalloproteases family protein (TAIR:AT5G10540.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26221951..26225784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88761.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 791 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLMATPTSRA SLNLLRRSPK PKYFSSSSCH FRPSTFRKSY PCPIWSSSFS FCLPPPRSTT STSLSSSSFR PFSSPPSMSS AAAAAVESVV SDETLSSNPL 101: LQDFDFPPFD SVDASHVRPG IRALLQHLEA ELEELEKSVE PTWPKLVEPL EKIVDRLTVV WGMINHLKAV KDTPELRAAI EDVQPEKVKF QLRLGQSKPI 201: YNAFKAIRES PDWSSLSEAR QRLVEAQIKE AVLIGIALDD EKREEFNKIE QELEKLSHKF SENVLDATKK FEKLITDKKE IEGLPPSALG LFAQAAVSKG 301: HENATAENGP WIITLDAPSY LPVMQHAKNR ALREEVYRAY LSRASSGDLD NTAIIDQILK LRLEKAKLLG YNNYAEVSMA MKMATVEKAA ELLEKLRSAS 401: WDAAVQDMED LKSFAKNQGA AESDSMTHWD TTFWSERLRE SKYDINEEEL RPYFSLPKVM DGLFSLAKTL FGIDIEPADG LAPVWNNDVR FYRVKDSSGN 501: PIAYFYFDPY SRPSEKRGGA WMDEVVSRSR VMAQKGSSVR LPVAHMVCNQ TPPVGDKPSL MTFREVETVF HEFGHALQHM LTKQDEGLVA GIRNIEWDAV 601: ELPSQFMENW CYHRDTLMSI AKHYETGETL PEEVYKKLLA ARTFRAGSFS LRQLKFASVD LELHTKYVPG GPESIYDVDQ RVSVKTQVIP PLPEDRFLCS 701: FSHIFAGGYA AGYYSYKWAE VLSADAFSAF EDAGLDDIKA VKETGQRFRN TILALGGGKA PLKVFVEFRG REPSPEPLLR HNGLLAASAS A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)