AT5G55490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gamete expressed protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a transmembrane domain containing protein that is expressed in pollen germ cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gamete expressed protein 1 (GEX1); Has 7985 Blast hits to 6093 proteins in 809 species: Archae - 118; Bacteria - 1642; Metazoa - 3258; Fungi - 589; Plants - 254; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 2106 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22478822..22481071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67966.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 593 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRFSRKCLL FLLLIILLDS PLTCHSWGWF SSSSSSAEDP YSSSFSRSRK SNPDFSMEVF SDQKAVQVLE NKLVGLTSCW QNAYSYLLAG CKETIATEEK 101: RKRFAWYLSD CFIKDSGRPA FPTCKDESVM MSCLKKLDDH EHKIYLDFLL ETNTICQQLQ SNAFKNEIER LVNELKNTAQ YTEDKLDILE SKSDALIQTS 201: SMIHDSLGSL DVRVQNVASV TNTLETSVSG LSQQTVEISQ EQKNIAESQL ALRDGQVKMK ETLKDGMDMF LDAYTNIQEG VDKLKSDTEQ IEVEISVLGN 301: NLSTKMIDLQ STTDDIGTKT RSSLDKQQKL LDGQTVALDG IQFLTRFQSE ALQESRNTLQ RLKEFSQEQQ EDLAKRQEKL QEVHDHLFEN SKSMLEAQVA 401: FEAKQANMFV ALDKLFALHN AMLLESRVIK AFVIYFLSIF VIYMFTSTKQ TYIIRPRLYI GLCVTLALEV ASLRYVNDTE RQAWMINLIR SLFALLASAQ 501: LLHAALSYRD YEVLNHQILL RLVDKVNDMQ SKKELSYDED TESEVDWTSW VDTDLTDDDD NLADPDYKIP LLIKDNPVTT SSLTRRLYNF RPR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)