AT5G25757.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase I-associated factor PAF67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA polymerase I-associated factor PAF67; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase I-associated factor PAF67 (InterPro:IPR019382); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase I-associated factor PAF67 (TAIR:AT5G25754.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8965515..8967460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60186.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 514 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSNEYEEG PGERESGYDP NMVPDSVKSF VSHMYRHIRD KNVYEIHQMC ETSFQSISER LFKDTPWPSV EAIAPYVDND HVFCLLYREM WFRHLYARLS 101: PTLKQRIDSY DNYCSLFQVV LHGVVNMQLP NQWLWDMVDE FVYQFQSFCQ FRAKLKNKTE EEIALLRQHD KAWNVYGVLN FLQALVEKSC IIQILEHDKD 201: GLEFTETDGY DFSGGSNVLK VLGYFSMVGL LRVHCLLGDY HTALKWLQPI DITQPGVYTS VIGCHIATIY HYGFATLMLR RYVDAVREFN KILLYIFKTK 301: QYHQKSPQYE QLLKKNEQMY ALLALSLSLC PQTKLVDESV NSQLRDKYGE KMMRMLRSDD EAFGIYDELF SYACPKFITP SAPPTFEEPL VNYNQDAYRL 401: QLKMFLYEVK QQQLLSGVRT FLKVYSSISL AKLANYMEVD EPTLRTILLT YKHKTHSVDS DGRIISNADI DFFINNDMIY VVESKPAKRY GDFFLRQIAK 501: LEGVINDMDR VKLE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)