AT5G25380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclin a2;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
core cell cycle genes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclin a2;1 (CYCA2;1); FUNCTIONS IN: cyclin-dependent protein kinase regulator activity; INVOLVED IN: regulation of cell cycle, DNA endoreduplication; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: G2/mitotic-specific cyclin A (InterPro:IPR015453), Cyclin, C-terminal (InterPro:IPR004367), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Cyclin, N-terminal (InterPro:IPR006671), Cyclin, A/B/D/E (InterPro:IPR014400), Cyclin (InterPro:IPR006670); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mitotic-like cyclin 3B from Arabidopsis (TAIR:AT5G11300.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:8815230..8817566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49708.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHRASSKHTN AKKEAISTSK IRDNNVRVTR SRAKALGVSN SPSKPAFKHE TKRVARPSNK RMASDNITVC NQKRRAVLKD VTNTLAESII STEGNVKACK 101: RGGKETKQIE EDGLVDVDGE KSKLAEDLSK IRMVESLDAS ASKQKEDRSD VTDCVQIVDI DSGVQDPQFC SLYAASIYDS INVAELEQRP STSYMVQVQR 201: DIDPTMRGIL IDWLVEVSEE YKLVSDTLYL TVNLIDRFMS HNYIEKQKLQ LLGITCMLIA SKYEEISAPR LEEFCFITDN TYTRLEVLSM EIKVLNSLHF 301: RLSVPTTKTF LRRFIRAAQA SDKVPLIEME YLANYFAELT LTEYTFLRFL PSLIAASAVF LARWTLDQSN HPWNQTLQHY TRYETSALKN TVLAMEELQL 401: NTSGSTLIAI HTKYNQQKFK RVATLTSPER VNTLFSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)