AT5G23300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyrimidine d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
dihydroorotate dehydrogenase, catalyses fourth step of pyrimidine biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyrimidine d (PYRD); FUNCTIONS IN: dihydroorotate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: 'de novo' pyrimidine base biosynthetic process, pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR001295), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 (InterPro:IPR005719), Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 (InterPro:IPR012135); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7847792..7850243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48549.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 460 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGRAATSSA KWAREFLFRR VSSNPLGATR NCSSVPGASS APKVPHFSKR GRILTGATIG LAIAGGAYVS TADEATFCGW LFNATKVVNP FFALLDAEFA 101: HKLAVSAAAR GWVPREKRPD PAILGLEVWG RKFSNPIGLA AGFDKNAEAT EGLLGMGFGF VEVGSVTPVP QEGNPKPRIF RLSQEGAIIN RCGFNSEGIV 201: VVAKRLGAQH GKRMLAETSA TSSSPSDDVK PGGKSGPGIL GVNLGKNKTS EDAAADYVQG VHNLSQYADY LVINVSSPNT AGLRMLQGRK QLKDLVKKVQ 301: AARDEMQWGD EGPPPLLVKI APDLSRGELE DIAAVALALH LDGLIISNTT VSRPDAVSNN PVATETGGLS GKPLFALSTN MLRDMYTLTR GKIPLIGCGG 401: VSSGEDAYKK IRAGATLVQL YTGFAYGGPA LIPQIKEELV KCLERDGFKS IHEAIGADHR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)