AT5G22800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Alanyl-tRNA synthetase, class IIc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A locus involved in embryogenesis. Mutations in this locus result in embryo lethality. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 1030 (EMB1030); FUNCTIONS IN: alanine-tRNA ligase activity, ligase activity, forming aminoacyl-tRNA and related compounds, nucleotide binding, ATP binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: alanyl-tRNA aminoacylation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast stroma, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: cultured cell, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain (InterPro:IPR018163), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc (InterPro:IPR002318), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, anti-codon-binding domain (InterPro:IPR018162), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain (InterPro:IPR018165), Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD (InterPro:IPR012947), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal (InterPro:IPR018164), Phosphoesterase, DHHA1 (InterPro:IPR003156); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Alanyl-tRNA synthetase (TAIR:AT1G50200.1); Has 15847 Blast hits to 15731 proteins in 3137 species: Archae - 486; Bacteria - 7745; Metazoa - 750; Fungi - 242; Plants - 138; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6486 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7616221..7619961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 107836.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 978 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNFSRVNLFD FPLRPILLSH PSSIFVSTRF VTRTSAGVSP SILLPRSTQS PQIIAKSSSV SVQPVSEDAK EDYQSKDVSG DSIRRRFLEF FASRGHKVLP 101: SSSLVPEDPT VLLTIAGMLQ FKPIFLGKVP REVPCATTAQ RCIRTNDLEN VGKTARHHTF FEMLGNFSFG DYFKKEAIKW AWELSTIEFG LPANRVWVSI 201: YEDDDEAFEI WKNEVGVSVE RIKRMGEADN FWTSGPTGPC GPCSELYYDF YPERGYDEDV DLGDDTRFIE FYNLVFMQYN KTEDGLLEPL KQKNIDTGLG 301: LERIAQILQK VPNNYETDLI YPIIAKISEL ANISYDSAND KAKTSLKVIA DHMRAVVYLI SDGVSPSNIG RGYVVRRLIR RAVRKGKSLG INGDMNGNLK 401: GAFLPAVAEK VIELSTYIDS DVKLKASRII EEIRQEELHF KKTLERGEKL LDQKLNDALS IADKTKDTPY LDGKDAFLLY DTFGFPVEIT AEVAEERGVS 501: IDMNGFEVEM ENQRRQSQAA HNVVKLTVED DADMTKNIAD TEFLGYDSLS ARAVVKSLLV NGKPVIRVSE GSEVEVLLDR TPFYAESGGQ IADHGFLYVS 601: SDGNQEKAVV EVSDVQKSLK IFVHKGTVKS GALEVGKEVE AAVDADLRQR AKVHHTATHL LQSALKKVVG QETSQAGSLV AFDRLRFDFN FNRSLHDNEL 701: EEIECLINRW IGDATRLETK VLPLADAKRA GAIAMFGEKY DENEVRVVEV PGVSMELCGG THVGNTAEIR AFKIISEQGI ASGIRRIEAV AGEAFIEYIN 801: SRDSQMTRLC STLKVKAEDV TNRVENLLEE LRAARKEASD LRSKAAVYKA SVISNKAFTV GTSQTIRVLV ESMDDTDADS LKSAAEHLIS TLEDPVAVVL 901: GSSPEKDKVS LVAAFSPGVV SLGVQAGKFI GPIAKLCGGG GGGKPNFAQA GGRKPENLPS ALEKAREDLV ATLSEKLG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)