AT5G15950.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Adenosylmethionine decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Adenosylmethionine decarboxylase family protein; FUNCTIONS IN: adenosylmethionine decarboxylase activity; INVOLVED IN: spermidine biosynthetic process, spermine biosynthetic process, polyamine biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: S-adenosylmethionine decarboxylase, core (InterPro:IPR016067), S-adenosylmethionine decarboxylase (InterPro:IPR001985), S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site (InterPro:IPR018166), S-adenosylmethionine decarboxylase subgroup (InterPro:IPR018167); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosylmethionine decarboxylase (TAIR:AT3G02470.4); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5206706..5207794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 40012.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMSAIGFEG YEKRLEVTFF EPGLFLDTQG KGLRALAKSQ IDEILQPAEC TIVSSLSNDQ LDSYVLSESS LFIFPYKIVI KTCGTTKLLL SIEPLLRLAG 101: ELSLDVKAVR YTRGSFLCPG GQPFPHRNFS EEVSVLDGHF AKLGLSSVAY LMGNDDETKK WHVYSASSAN SNNKNNVYTL EMCMTGLDKD KASVFYKNES 201: SSAGSMTDNS GIRKILPQSQ ICDFEFEPCG YSMNSIEGDA ISTIHVTPED GFSYASFEAV GYDFTTMDLS HLVSKVLTCF KPKQFSVAVH STVAQKSYDS 301: GLSVDLDDYG CKESTMESLG EERGTVMYQR FEKLGRYCGS PRSTLKCEWS SNSSCNSEDE KE |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)