AT5G08380.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-galactosidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-galactosidase 1 (AGAL1); FUNCTIONS IN: alpha-galactosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, metabolic process, lactose catabolic process; LOCATED IN: apoplast, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 27 (InterPro:IPR002241), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Glycoside hydrolase, clan GH-D (InterPro:IPR000111), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-galactosidase 2 (TAIR:AT5G08370.1); Has 1677 Blast hits to 1666 proteins in 372 species: Archae - 6; Bacteria - 673; Metazoa - 331; Fungi - 272; Plants - 227; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 168 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2694851..2697616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45712.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 410 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRRAMVIKM PILMILISSM VMTMVESSRS VNNGHDDSEI LRRHLLTNGL GVTPPMGWNS WNHFSCNIDE KMIKETADAL VTTGLSKLGY NYVNIDDCWA 101: EISRDSKGSL VPKKSTFPSG IKAVADYVHS KGLKLGIYSD AGYFTCSKTM PGSLGYEEHD AKTFAEWGID YLKYDNCNSD GSKPTVRYPV MTRALMKSGR 201: PIFHSLCEWG DMHPALWGSP VGNSWRTTND IKDTWLSMIS IADMNEVYAE HARPGGWNDP DMLEVGNGGM TKDEYIVHFS IWAISKAPLL LGCDIRNMTK 301: ETMEIVANKE VIAINQDPHG VQAKKVRMEG DLEVWAGPLS GYRVALLLLN RGPSRTSITA LWEDIEIPAN SIVEARDLWE HQTLKQKFVG NLTATVDSHA 401: CKLYVLKPVA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)