AT5G06300.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.976 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Putative lysine decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Putative lysine decarboxylase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Conserved hypothetical protein CHP00730 (InterPro:IPR005269); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lysine decarboxylase family protein (TAIR:AT2G37210.1); Has 5281 Blast hits to 5279 proteins in 1570 species: Archae - 23; Bacteria - 3686; Metazoa - 10; Fungi - 132; Plants - 400; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1030 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1922042..1925278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23890.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 217 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEETKSRFKR ICVFCGSSSG KKPSYQEAAI QLGNELVERR IDLVYGGGSV GLMGLVSQAV HHGGRHVLGV IPKTLMPREI TGETIGEVKA VADMHQRKAE 101: MARQADAFIA LPGGYGTLEE LLEVITWAQL GIHRKPVGLL NVDGYYNSLL TFIDKAVDEG FISPMARRII VSAPNAKELV RQLEEYEPEF DEITSKLVWD 201: EVDRISYVPG SEVATAT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)