AT5G02470.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Transcription factor DP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
core cell cycle genes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DPA; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: transcription factor complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Transcription factor E2F/dimerisation partner (TDP) (InterPro:IPR003316), Transcription factor DP, C-terminal (InterPro:IPR014889), Transcription factor DP (InterPro:IPR015648), Transcription factor DP, subgroup (InterPro:IPR016556); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transcription factor DP (TAIR:AT5G03415.1); Has 435 Blast hits to 435 proteins in 94 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 247; Fungi - 0; Plants - 91; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 97 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:542562..544423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33040.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 292 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSMEMELFVT PEKQRQHPSV SVEKTPVRRK LIVDDDSEIG SEKKGQSRTS GGGLRQFSVM VCQKLEAKKI TTYKEVADEI ISDFATIKQN AEKPLNENEY 101: NEKNIRRRVY DALNVFMALD IIARDKKEIR WKGLPITCKK DVEEVKMDRN KVMSSVQKKA AFLKELREKV SSLESLMSRN QEMVVKTQGP AEGFTLPFIL 201: LETNPHAVVE IEISEDMQLV HLDFNSTPFS VHDDAYILKL MQEQKQEQNR VSSSSSTHHQ SQHSSAHSSS SSCIASGTSG PVCWNSGSID TR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)