AT4G38150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G03560.2); Has 35233 Blast hits to 8000 proteins in 207 species: Archae - 4; Bacteria - 10; Metazoa - 48; Fungi - 167; Plants - 34530; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 474 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17901211..17902119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33456.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 302 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVPSSKAVVF ARQMAKQIRV TTPSMSATRF LSTGDNGQVD EQQNPPEPLP NRPLRGERSS NSHREPPARQ AHNLGKSDTT LSDDGFLEQF KLGVNQDSRE 101: TPKPEQYPQE PLPPPEDSDE IFKKMKEGGL IPNAVAMLDG LCKDGLVQEA MKLFGLMRDK GTIPEVVIYT AVVEAFCKAH KIEDAKRIFR KMQNNGIAPN 201: AFSYGVLVQG LYNCNMLDDA VAFCSEMLES GHSPNVPTFV ELVDALCRVK GVEQAQSAID TLNQKGFAVN VKAVKEFMDK RAPFPSLAWE AIFKKKPTEK 301: PF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)