AT4G23940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FtsH extracellular protease family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FtsH extracellular protease family; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FtsH extracellular protease family (TAIR:AT2G30950.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12437108..12441841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 105549.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 946 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASIDNVFSL GTRFSIPENP KRSILKHATT SSFSARTQTR WRAPILRRSF TVLCELKTGS SSSGETNNSP AADDFVTRVL KENPSQVEPR YRVGDKLYNL 101: KEREDLSKGT NAATGAFEFI KRKFDSKKKT ETDKSEESVY LSDILREYKG KLYVPEQVFG PELSEEEEFE KNVKDLPKMS LEDFRKAMEN DKVKLLTSKE 201: VSGVSYTSGY RGFIVDLKEI PGVKSLQRTK WSMKLEVGEA QALLKEYTGP QYEIERHMTS WVGKVADFPN PVASSISSRV MVELGMVTAV IAAAAVVVGG 301: FLASAVFAVT SFAFVTTVYV VWPIAKPFLK LFVGVFLGVL EKSWDYIVDV LADGGIFSRI SDFYTFGGVA SSLEMLKPIL LVVMTMVLLV RFTLSRRPKN 401: FRKWDLWQGI AFSQSKAEAR VDGSTGVKFA DVAGIDEAVD ELQELVKYLK NPDLFDKMGI KPPHGVLLEG PPGCGKTLVA KAIAGEAGVP FYQMAGSEFV 501: EVLVGVGSAR IRDLFKRAKV NKPSVIFIDE IDALATRRQG IFKENSDQLY NAATQERETT LNQLLIELDG FDTGKGVIFL GATNRRDLLD PALLRPGRFD 601: RKIRVRPPNA KGRLDILKIH ASKVKMSDSV DLSSYASNLP GWSGAKLAQL VQEAALVAVR KTHNSILQSD MDDAVDRLTV GPTRIGLELG HQGQCRRATT 701: EVGVAITSHL LLRYENAKIE RCDRVSIIPR GQTLSQVVFH RLDDESYMFG RLPQLLHRLQ VLLGGRAAEE VIYGSDTSKA SVDYLSDASW LARKILTIWN 801: LENPMVIHGE PPPWRKRPQF VGPRLDFEGS LYDDYDLVEP PVNFNMDDEV AHRSEELISQ MYNKTVSLLR QNQTALLKTV KVLLNQKEIS GEAIDFILDH 901: YPPQTPLNSL LQEQNPGSLP FVPEHLRRES GDFVLVNHST DVNAQV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)