AT4G15340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.474 plasma membrane 0.227 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pentacyclic triterpene synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that catalyzes the production of the tricyclic triterpene arabidiol when expressed in yeast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pentacyclic triterpene synthase 1 (PEN1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, conserved site (InterPro:IPR002365), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Squalene cyclase (InterPro:IPR018333), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: baruol synthase 1 (TAIR:AT4G15370.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8754670..8760589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88078.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 766 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWRLRIGAKA GNDTHLFTTN NYVGRQIWEF DANAGSPQEL AEVEEARRNF SNNRSHYKAS ADLLWRMQFL REKGFEQKIP RVRVEDAAKI RYEDAKTALK 101: RGLHYFTALQ ADDGHWPADN SGPNFFIAPL VICLYITGHL EKIFTVEHRI ELIRYMYNHQ NEDGGWGLHV ESPSIMFCTV INYICLRIVG VEAGHDDDQG 201: STCTKARKWI LDHGGATYTP LIGKACLSVL GVYDWSGCKP MPPEFWFLPS SFPINGGTLW IYLRDIFMGL SYLYGKKFVA TPTPLILQLQ EELYPEPYTK 301: INWRLTRNRC AKEDLCYPSS FLQDLFWKGV HIFSESILNR WPFNKLIRQA ALRTTMKLLH YQDEANRYIT GGSVPKAFHM LACWVEDPEG EYFKKHLARV 401: SDFIWIGEDG LKIQSFGSQL WDTVMSLHFL LDGVEDDVDD EIRSTLVKGY DYLKKSQVTE NPPSDHIKMF RHISKGGWTF SDKDQGWPVS DCTAESLKCC 501: LLFERMPSEF VGQKMDVEKL FDAVDFLLYL QSDNGGITAW EPADGKTWLE WFSPVEFVQD TVIEHEYVEC TGSAIVALTQ FSKQFPEFRK KEVERFITNG 601: VKYIEDLQMK DGSWCGNWGV CFIYGTLFAV RGLVAAGKTF HNCEPIRRAV RFLLDTQNQE GGWGESYLSC LRKKYTPLAG NKTNIVSTGQ ALMVLIMGGQ 701: MERDPLPVHR AAKVVINLQL DNGDFPQQEV MGVFNMNVLL HYPTYRNIYS LWALTLYTQA LRRLQP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)