AT4G10570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.510 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a ubiquitin-specific protease family member, UBP9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 9 (UBP9); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, ubiquitin thiolesterase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain (InterPro:IPR006615), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 10 (TAIR:AT4G10590.1); Has 11569 Blast hits to 7616 proteins in 265 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 6024; Fungi - 1995; Plants - 1380; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 2156 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6523657..6528058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 103704.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 923 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTIPNSDFML ENGVCDLPFT PEEEKRIVSE LTSESEDNLK QGNLYFVISK RWYTSWQEYV ENSANECSTG ESSEAPRPGP IDNHDIIESD SDINDPQLRR 101: LLVEGEDYVL VPKQVWKRLV EWYSGGPPIE RKLICQGFYT RSYSVEVYPL CLMLTDGRDE SRTVIRLGKQ ASIRELYEKV CAMTGVPQEK AHIWDYFDKR 201: KNGLLDPLSY KSLEESSLHM DQDILVEVDG LSSSSQSAMS STGNELALVP LEPSRSIVTI AGGPTLSNGH STTSNFSLFP RITSEDDGRD SLSILGKGEK 301: GGLAGLSNLG NTCFMNSALQ CLAHTPPIVE YFLQDYSDDI NRDNPLGMCG ELAIAFGDLL KKLWSSGRNA VAPRAFKTKL ARFAPQFSGY NQHDSQELLA 401: FLLDGLHEDL NKVKRKPYIE LKDSDSRPDD EVAEELWNYH KARNDSVIVD VCQGQYKSTL VCPVCGKISI TFDPFMYLSV PLPSTLTRSM TITVFYCDGS 501: RLPMPYTVIV PKQGSIRDLI TALGTACCLA EDESLLLAEV YDHKIFRYFE IPLDSLSAIK DDEHIVAYRL NQIPKGSRKA KLEILHGGQE RAVLDSVRGS 601: DVKLFGTPFV TYVNTEPLSG TDIDAVISGF LSPLHKVHAP SKIHNGSDNG HLADATVDQA SGILSSPDTE IDNASDRELS FRIFLTDERG LNIKPLQSES 701: SISPGTVTRV LVEWNEGEHE RYDSSYLSDL PEVHKTSFSA KKTRQESISL FSCLEAFLAE EPLGPDDMWF CPSCKEHRQA NKKLDLWKLP DILVFHLKRF 801: TYSRYLKNKI DTFVNFPVHD LDLSKYVKNK NGQSYLYELY AVSNHYGGLG GGHYTAYAKL IDDNKWYHFD DSHVSSVNES EIRNSAAYVL FYRRVRSETE 901: TQTAEMSTDM DYSCLNSHND KAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)