AT4G06599.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin family protein; FUNCTIONS IN: phosphoprotein phosphatase activity; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955), HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIID (InterPro:IPR011943), NLI interacting factor (InterPro:IPR004274); Has 390 Blast hits to 384 proteins in 126 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 131; Fungi - 51; Plants - 106; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 87 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:3666079..3667495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38958.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 340 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSSSPTP SAAAAVSPLT EEELTLTVKW NGKEYTVRIC ADDSVAELKR RICLLTTVLP KRQKLLYPKI GNKLSDDSLL LSSISFKPSL KMTMIGTVED 101: DIIVDQAESP EIVDDFELGK EEAVDVKDKE VNKQKLRRRI DQYKINLRTP CRQGKKLLVL DIDYTLFDHR STAENPLQLM RPYLHEFLTA AYAEYDIMIW 201: SATSMKWVEL KMTELGVLNN PNYKVTALLD HLAMITVQSD TRGIFDCKPL GLIWALLPEF YNPGNTIMFD DLRRNFVMNP QNGLTIKPFR KAHANRDTDQ 301: ELVKLTQYLL TIAELSDLSS LHHSRWESFS QDNVKRRRQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)