AT3G60750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transketolase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transketolase; FUNCTIONS IN: catalytic activity, transketolase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transketolase, bacterial-like (InterPro:IPR005478), Transketolase, N-terminal (InterPro:IPR005474), Transketolase, C-terminal (InterPro:IPR005476), Transketolase-like, C-terminal (InterPro:IPR015941), Transketolase, C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, domain II (InterPro:IPR009014), Transketolase-like, pyrimidine-binding domain (InterPro:IPR005475), Transketolase binding site (InterPro:IPR020826); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transketolase (TAIR:AT2G45290.1); Has 19296 Blast hits to 19203 proteins in 2759 species: Archae - 202; Bacteria - 11440; Metazoa - 321; Fungi - 314; Plants - 204; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6815 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22454004..22456824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79972.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 741 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASTSSLALS QALLARAISH HGSDQRGSLP AFSGLKSTGS RASASSRRRI AQSMTKNRSL RPLVRAAAVE TVEPTTDSSI VDKSVNSIRF LAIDAVEKAK 101: SGHPGLPMGC APMAHILYDE VMRYNPKNPY WFNRDRFVLS AGHGCMLLYA LLHLAGYDSV QEEDLKQFRQ WGSKTPGHPE NFETPGIEVT TGPLGQGIAN 201: AVGLALAEKH LAARFNKPDA EVVDHYTYAI LGDGCQMEGI SNEACSLAGH WGLGKLIAFY DDNHISIDGD TEIAFTENVD QRFEALGWHV IWVKNGNTGY 301: DEIRAAIKEA KTVTDKPTLI KVTTTIGYGS PNKANSYSVH GAALGEKEVE ATRNNLGWPY EPFQVPDDVK SHWSRHTPEG ATLESDWSAK FAAYEKKYPE 401: EASELKSIIT GELPAGWEKA LPTYTPESPG DATRNLSQQC LNALAKVVPG FLGGSADLAS SNMTLLKAFG DFQKATPEER NLRFGVREHG MGAICNGIAL 501: HSPGLIPYCA TFFVFTDYMR GAMRISALSE AGVIYVMTHD SIGLGEDGPT HQPIEHIASF RAMPNTLMFR PADGNETAGA YKIAVTKRKT PSILALSRQK 601: LPHLPGTSIE GVEKGGYTIS DDSSGNKPDV ILIGTGSELE IAAQAAEVLR KDGKTVRVVS FVCWELFDEQ SDEYKESVLP SDVSARVSIE AASTFGWGKI 701: VGGKGKSIGI NSFGASAPAP LLYKEFGITV EAVVDAAKSF F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)