AT3G50410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : OBF binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis Dof protein containing a single 51-amino acid zinc finger DNA-binding domain, which may play an important roles in plant growth and development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
OBF binding protein 1 (OBP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, Dof-type (InterPro:IPR003851); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Dof-type zinc finger DNA-binding family protein (TAIR:AT5G66940.1); Has 1129 Blast hits to 1124 proteins in 68 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 17; Fungi - 6; Plants - 1084; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 13 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18709872..18710633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26383.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 253 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPTSDSGEPR RIAMKPNGVT VPISDQQEQL PCPRCDSSNT KFCYYNNYNF SQPRHFCKAC RRYWTHGGTL RDVPVGGGTR KSAKRSRTCS NSSSSSVSGV 101: VSNSNGVPLQ TTPVLFPQSS ISNGVTHTVT ESDGKGSALS LCGSFTSTLL NHNAAATATH GSGSVIGIGG FGIGLGSGFD DVSFGLGRAM WPFSTVGTAT 201: TTNVGSNGGH HAVPMPATWQ FEGLESNAGG GFVSGEYFAW PDLSITTPGN SLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)