AT3G25570.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plasma membrane 0.814 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Adenosylmethionine decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Adenosylmethionine decarboxylase family protein; FUNCTIONS IN: adenosylmethionine decarboxylase activity; INVOLVED IN: spermidine biosynthetic process, spermine biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: S-adenosylmethionine decarboxylase, core (InterPro:IPR016067), S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site (InterPro:IPR018166), S-adenosylmethionine decarboxylase (InterPro:IPR001985), S-adenosylmethionine decarboxylase subgroup (InterPro:IPR018167); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosylmethionine decarboxylase (TAIR:AT3G02470.4); Has 1034 Blast hits to 1011 proteins in 270 species: Archae - 0; Bacteria - 57; Metazoa - 222; Fungi - 155; Plants - 530; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 70 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9287413..9288462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 38292.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 349 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSATGFEG FEKRLEISFF ETTDFLDPQG KSLRSLTKSQ LDEILTPAEC TIVSSLTNSF VDSYVLSESS LFVYPYKIII KTCGTTKLLL SIPHILRLAD 101: SLCLTVKSVR YTRGSFIFPG AQSYPHRSFS EEVALLDDYF GKLNAGSKAF VMGGSDNNPQ RWHVYSASST EESAVCDKPV YTLEMCMTGL DNIKASVFFK 201: TNSVSASEMT ISSGIRNILP GSEICDFNFE PCGYSMNSIE GDAVSTIHVT PEDGFSYASF ETVGYDLKAL NFKELVDRVL VCFGPEEFSV AVHANLGTEV 301: LASDCVADVN GYFSQERELE ELGLGGSVLY QRFVKTVECC SPKSTLGFC |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)