AT3G22490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Seed maturation protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Seed maturation protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Seed maturation protein (InterPro:IPR007011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Seed maturation protein (TAIR:AT3G22500.1); Has 198 Blast hits to 183 proteins in 40 species: Archae - 2; Bacteria - 41; Metazoa - 7; Fungi - 0; Plants - 144; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7969785..7970738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26745.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 262 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQEEQPKRP QEPVTYGDVF EVSGELADKP IAPEDANMMQ AAETRVFGHT QKGGAAAVMQ SAATANKRGG FVHPGDTTDL AAERGVTVAQ TDVPGARVTT 101: EFVGGQVVGQ YVEPRPVATA AAMEAEVVGL SLQSAITIGE ALEATVQTAG NKPVDQSDAA AIQAAEVRAC GTNVIAPGGI AASAQSAANH NATIDRDEDK 201: IKLIDVLAGA TGKLAADKAV TRQDAEGVVS AELRNNPNLS THPGGVAASI TAAARLNERA DI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)