AT3G14990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, thiamin biosynthetic process; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DJ-1 (InterPro:IPR006287), ThiJ/PfpI (InterPro:IPR002818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein (TAIR:AT1G53280.1); Has 10802 Blast hits to 6415 proteins in 1883 species: Archae - 336; Bacteria - 9086; Metazoa - 526; Fungi - 85; Plants - 335; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 434 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5047510..5049621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41859.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 392 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASFTKTVLI PIAHGTEPLE AVAMITVLRR GGADVTVASV ETQVGVDACH GIKMVADTLL SDITDSVFDL IVLPGGLPGG ETLKNCKSLE NMVKKQDSDG 101: RLNAAICCAP ALALGTWGLL EGKKATGYPV FMEKLAATCA TAVESRVQID GRIVTSRGPG TTIEFSITLI EQLFGKEKAD EVSSILLLRP NPGEEFTFTE 201: LNQTNWSFED TPQILVPIAE ESEEIEAIAL VDILRRAKAN VVIAAVGNSL EVEGSRKAKL VAEVLLDEVA EKSFDLIVLP GGLNGAQRFA SCEKLVNMLR 301: KQAEANKPYG GICASPAYVF EPNGLLKGKK ATTHPVVSDK LSDKSHIEHR VVVDGNVITS RAPGTAMEFS LAIVEKFYGR EKALQLGKAT LV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)