AT3G10710.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : root hair specific 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
root hair specific 12 (RHS12); FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: root hair, flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT5G04960.1); Has 2830 Blast hits to 2766 proteins in 319 species: Archae - 6; Bacteria - 575; Metazoa - 1; Fungi - 191; Plants - 2032; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3352289..3354237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62106.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 561 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSPYGKVDE REHVRLEARR KTRKNIAIIA VSLVILAGIV IGAVFGTMAH KKSPETVETN NNGDSISVSV KAVCDVTLHK EKCFETLGSA PNASSLNPEE 101: LFRYAVKITI AEVSKAINAF SSSLGDEKNN ITMNACAELL DLTIDNLNNT LTSSSNGDVT VPELVDDLRT WLSSAGTYQR TCVETLAPDM RPFGESHLKN 201: STELTSNALA IITWLGKIAD SFKLRRRLLT TADVEVDFHA GRRLLQSTDL RKVADIVVAK DGSGKYRTIK RALQDVPEKS EKRTIIYVKK GVYFENVKVE 301: KKMWNVIVVG DGESKSIVSG RLNVIDGTPT FKTATFAVFG KGFMARDMGF INTAGPSKHQ AVALMVSADL TAFYRCTMNA YQDTLYVHAQ RQFYRECTII 401: GTVDFIFGNS ASVLQSCRIL PRRPMKGQQN TITAQGRTDP NMNTGISIHR CNISPLGDLT DVMTFLGRPW KNFSTTVIMD SYLHGFIDRK GWLPWTGDSA 501: PDTIFYGEYK NTGPGASTKN RVKWKGLRFL STKEANRFTV KPFIDGGRWL PATKVPFRSG L |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)