AT3G09260.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Glycosyl hydrolase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes beta-glucosidase.The major constituent of ER bodies. One of the most abundant proteins in Arabidopsis seedlings. Exist in an soluble (inactive) and non-soluble (active) form, most probably formed in a polymerization process. Involved in the mutualistic interaction between Arabidopsis and the endophytic fungus Piriformospora indica. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PYK10; FUNCTIONS IN: beta-glucosidase activity, copper ion binding, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, fucosidase activity; INVOLVED IN: ER body organization, response to salt stress, response to symbiotic fungus, cellular response to cold, response to osmotic stress; LOCATED IN: peroxisome, nucleus, vacuole, membrane, ER body; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 1 (InterPro:IPR001360), Glycoside hydrolase, family 1, active site (InterPro:IPR018120), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycosyl hydrolase superfamily protein (TAIR:AT1G66280.1); Has 11331 Blast hits to 11008 proteins in 1473 species: Archae - 140; Bacteria - 7847; Metazoa - 701; Fungi - 200; Plants - 1444; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 999 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2840657..2843730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59723.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLQKLPLIG LLLLLTIVAS PANADGPVCP PSNKLSRASF PEGFLFGTAT AAYQVEGAIN ETCRGPALWD IYCRRYPERC NNDNGDVAVD FFHRYKEDIQ 101: LMKNLNTDAF RMSIAWPRIF PHGRKEKGVS QAGVQFYHDL IDELIKNGIT PFVTVFHWDT PQDLEDEYGG FLSERIVKDF REYADFVFQE YGGKVKHWIT 201: FNEPWVFSHA GYDVGKKAPG RCSSYVNAKC QDGRSGYEAY LVTHNLLISH AEAVEAYRKC EKCKGGKIGI AHSPAWFEAH DLADSQDGAS IDRALDFILG 301: WHLDTTTFGD YPQIMKDIVG HRLPKFTTEQ KAKLKASTDF VGLNYYTSVF SNHLEKPDPS KPRWMQDSLI TWESKNAQNY AIGSKPLTAA LNVYSRGFRS 401: LLKYIKDKYA NPEIMIMENG YGEELGASDS VAVGTADHNR KYYLQRHLLS MQEAVCIDKV NVTGYFVWSL LDNFEWQDGY KNRFGLYYVD FKNNLTRYEK 501: ESGKYYKDFL SQGVRPSALK KDEL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)