AT3G04880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-damage-repair/toleration protein (DRT102) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a novel protein involved in DNA repair from UV damage. Isolated by functional complementation of E. coli UV-sensitive mutants (UVR genes). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA-DAMAGE-REPAIR/TOLERATION 2 (DRT102); INVOLVED IN: response to UV, photoreactive repair, response to cold; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribose/galactose isomerase (InterPro:IPR003500), DNA-damage-repair/toleration protein, DRT102 (InterPro:IPR012100), Cupin 2, conserved barrel (InterPro:IPR013096), Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); Has 4975 Blast hits to 4975 proteins in 1551 species: Archae - 4; Bacteria - 3564; Metazoa - 0; Fungi - 71; Plants - 32; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1304 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1346431..1347363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33235.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGAVSAVDQ PLKIITGADD FGASLKDAMV THLRSLGIDV EDTGVSSYYS AGSEVGRRVS ASSSSEVRGL VCCGTGVGVA MFANKFPGVY AATCLSVEDA 101: VNARSISNCN VLAFSGIKTS PETALEIFDA WIKTPFKSPC PASGSEPWSS VISSFLDNSL SEMSQIGKST AGDSTTKKID ETTASCVICC LAKNREFTPV 201: DIMPGGSMKI VRETPTSAIV RFKAGSVEPA HHHTFGHDLV VIKGKKSVWN LSKKERADLV DGDYLFTPAG DVHRVKYHED TEFFITWDGH WDIFLDEDLE 301: TAKKAIEEEA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)