AT3G02200.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Proteasome component (PCI) domain protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Proteasome component (PCI) domain protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Proteasome component (PCI) domain protein (TAIR:AT5G15610.1); Has 412 Blast hits to 412 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 180; Fungi - 112; Plants - 66; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:406692..408675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41158.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 364 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTIVPTSEE NPFLAVVRFT SQLAWADAGP EAAEPEITRL CREAEESMVA EKWLELSSLM VTSAELVSSK ISEKDLECTY TIICSIVKNA KSPEQVLEMV 101: KAIASKVAQQ PSDKASLRLK ILFNLYNLVD HPYARFQVYM KALTLAVDGK VTEYIVSSFK KIDNFLKEWN IDIKDQRELF LAIANVLKEN KSLVNESLKF 201: LTKYLATFSN EDAQVLDEAK EEAVRAVIEF VKASSIFQCD LLDLPAVAQL EKDAKYAPVY QLLKIFLTQR LNAYTEFQNA NSGFLQSYGL SNEDCVTKMR 301: LLSLVDLASD ESGKIPYTSI KDTLQVNEQD VELWIVKAIT AKLIECKMDQ MNQVLIVRQP LFRT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)