AT3G02040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.990 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : senescence-related gene 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
senescence-related gene 3 (SRG3); FUNCTIONS IN: phosphoric diester hydrolase activity, glycerophosphodiester phosphodiesterase activity; INVOLVED IN: glycerol metabolic process, lipid metabolic process; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain (InterPro:IPR017946), Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase (InterPro:IPR004129); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PLC-like phosphodiesterases superfamily protein (TAIR:AT5G41080.1); Has 1727 Blast hits to 1696 proteins in 532 species: Archae - 28; Bacteria - 1003; Metazoa - 245; Fungi - 173; Plants - 101; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 175 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:348505..349909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40716.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 361 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLKAIHVSE VPSLDHFPEN PSLICSSRKA NNKFVVVGHR GHGMNMSQSP DLRFSALKEN SILSFNAASK FPLDFIEFDV QVTRDGCPII FHDDFIYSEE 101: QGVVYEKRVT EVCLSEFMSY GPQRDTGKTG KPLLRKSKEG KIHKWSVATD DSFCTLQEAF EKVENPNLGF NIELKLDDNV FYSSDHLSRL LLPILQVVSD 201: IGNDRTIIFS SFHPDAALLV RKLQTTYPVF FLTNGGTEMY HDTRRNSLEE AIKVCLEGGL QGIVSEVKGV FRNPALVNKI KESKLSLMTY GKLNNVAEAV 301: YMQHLMGIEG VIVDHVEEIT EAVREMMKPS NRDADGTKPK PNFSDRELSF LLKLIPELIQ H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)