AT2G39460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L23AA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 60S ribosomal protein L23aA (AtrpL23aA). Paralog of RLPL23aB. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L23AA (RPL23AA); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding, nucleotide binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to high light intensity, response to cold, translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L23/L25, conserved site (InterPro:IPR001014), Ribosomal protein L23/L15e, core (InterPro:IPR012678), Ribosomal protein L23/L25, N-terminal (InterPro:IPR005633), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Ribosomal protein L25/L23 (InterPro:IPR013025), Ribosomal protein L23 (InterPro:IPR019985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L23AB (TAIR:AT3G55280.2); Has 2634 Blast hits to 2634 proteins in 929 species: Archae - 307; Bacteria - 1168; Metazoa - 411; Fungi - 142; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 486 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16475049..16475904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17441.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 154 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSPAKVDTTK KADPKAKALK AAKAVKSGQA FKKKDKKIRT KVTFHRPKTL TKPRTGKYPK ISATPRNKLD HYQILKYPLT TESAMKKIED NNTLVFIVDI 101: RADKKKIKDA VKKMYDIQTK KVNTLIRPDG TKKAYVRLTP DYDALDVANK IGII |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)