AT2G27300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.887 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NTM1-like 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NTM1-like 8 (NTL8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 60 (TAIR:AT3G44290.1); Has 2835 Blast hits to 2829 proteins in 72 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2835; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11680417..11681955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38185.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKEAEMSIA VSALFPGFRF SPTDVELISY YLRRKIDGDE NSVAVIAEVE IYKFEPWDLP EESKLKSENE WFYFCARGRK YPHGSQSRRA TQLGYWKATG 101: KERSVKSGNQ VVGTKRTLVF HIGRAPRGER TEWIMHEYCI HGAPQDALVV CRLRKNADFR ASSTQKMEDG VVQDDGYVGQ RGGLEKEDKS YYESEHQIPN 201: GDIAESSNVV EDQADTDDDC YAEILNDDII KLDEEALKAS QAFRPTNPTH QETISSESSS KRSKCGIKKE STETMNCYAL FRIKNVAGTD SSWRFPNPFK 301: IKKDDSQRLM KNVLATTVFL AILFSFFWTV LIARN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)