AT1G78240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes TSD2 (TUMOROUS SHOOT DEVELOPMENT2), a putative methyltransferase with an essential role in cell adhesion and coordinated plant development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TUMOROUS SHOOT DEVELOPMENT 2 (TSD2); FUNCTIONS IN: methyltransferase activity; INVOLVED IN: shoot development, homogalacturonan biosynthetic process, response to cytokinin stimulus, root development; LOCATED IN: Golgi apparatus; EXPRESSED IN: 32 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF248, methyltransferase putative (InterPro:IPR004159); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: QUASIMODO2 LIKE 1 (TAIR:AT1G13860.3); Has 1228 Blast hits to 1207 proteins in 172 species: Archae - 9; Bacteria - 218; Metazoa - 0; Fungi - 44; Plants - 919; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29433173..29435815 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77901.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 684 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSMPLQRGIS GVRVSDSSDD LRDSQMKDKT ERARSTENNN LTLRFPFGFL FSNQSSSKHG GGGENGFSAD PYSARSRHRL MLLFLKISLV LIVVIALAGS 101: FWWTISISTS SRGHVYHNYR RLQEQLVSDL WDIGEISLGP NRWKELEYCN IESENFVPCF NVSENLALGY SNGDENDRFC GPGSKQECLE LPPVKYRVPL 201: RWPTGKDIIW HSNVKITAQE VVSSGSITKR MMMMEDDQIS FRSASPMSDE VEDYSHQIAE MIGIKKDNFI EAGVRTILDI GCGYGSFGAH LLSKQILTMC 301: IANYEASGSQ VQLTLERGLP AMIGSFISKQ LPYPSLSFDM LHCLRCGIDW DQKDGLLLVE IDRVLKPGGY FVWTSPLTNP RNKDHLKRWN FVHDFAESIC 401: WTLLNQQDET VVWKKTINTK CYSSRKPGVG PSVCTKGHDV ESPYYRPLQM CIGGTRSRRW IPIEGRTRWP SRSNMNKTEL SLYGLHPEVL GEDAENWKIT 501: VREYWSLLSP LIFSDHPKRP GDEDPSPPYN MLRNVLDMNA QFGGLNSALL EARKSVWVMN VVPTAGPNHL PMILDRGFVG VLHNWCEPFP TYPRTYDLVH 601: ADNLLSLQTS QPRKTCLLID IFTEIDRLLR PEGWVIIRDT AQLVEKARET ITQLKWEARV IEVESSSEQR LLICQKPFTK RQSI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)