AT1G77990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.989 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : STAS domain / Sulfate transporter family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
cDNA encoding a sulfate transporter. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AST56; FUNCTIONS IN: sulfate transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: sulfate transport, transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sulphate transporter (InterPro:IPR011547), Sulphate transporter/antisigma-factor antagonist STAS (InterPro:IPR002645), Sulphate anion transporter, conserved site (InterPro:IPR018045), Sulphate anion transporter (InterPro:IPR001902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: slufate transporter 2;1 (TAIR:AT5G10180.1); Has 9792 Blast hits to 9696 proteins in 1853 species: Archae - 35; Bacteria - 5971; Metazoa - 1157; Fungi - 422; Plants - 555; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1652 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29317965..29323249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74501.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 677 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQLSSLSHTS ITHKDKKKKM GIELQNHQSH HEEASPAEEP MSRWLINTPE PPSMWQELIG YIRTNVLAKK KHKRNKTKNS SSNLVYSCLK SAFPILSWGR 101: QYKLNLFKKD LMAGLTLASL CIPQSIGYAN LAGLDPEYGL YTSVVPPLIY STMGTSRELA IGPVAVVSLL LSSMVRDLQD PVTDPIAYRK IVFTVTFFAG 201: AFQAIFGLFR LGFLVDFLSH AALVGFMAGA AIVIGLQQLK GLFGLTHFTN KTDVVSVLSS VFHSLHHPWQ PLNFVIGSSF LIFILLARFI GKRNNKLFWI 301: PAMAPLISVV LATLIVYLSN AESRGVKIVK HIKPGFNQLS VNQLQFKSPH LGQIAKIGLI SAIIALTEAI AVGRSFATIK GYRLDGNKEM MAMGFMNIAG 401: SLSSCYVATG SFSRTAVNFS AGCETVVSNI VMAITVMISL EVLTRFLYFT PTAILASIIL SALPGLIDVS GALHIWKLDK LDFLVLIAAF FGVLFASVEI 501: GLLLAVGISF ARIMLSSIRP SIEALGRLSK TDIFGDINQY PMANKTAGLL TLRISSPLLC FANANFIRDR ILNSVQEIEG EENEQEVLKE NGLQVVILDM 601: SCVMGVDTSG VFALEELHQE LASNDIRLVI ASPRWRVLHK LKRAKLDEKI KTENIYMTVG EAVDIYVRAR STSHELC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)