AT1G77750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S13/S18 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S13/S18 family; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: mitochondrion, small ribosomal subunit, mitochondrial small ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S13, conserved site (InterPro:IPR018269), Ribosomal protein S13-like, H2TH (InterPro:IPR010979), Ribosomal protein S13 (InterPro:IPR001892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S13/S18 family (TAIR:AT5G14320.1); Has 8693 Blast hits to 8691 proteins in 3066 species: Archae - 159; Bacteria - 5380; Metazoa - 191; Fungi - 172; Plants - 691; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2100 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29230346..29231490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17273.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 154 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLGLRRSATT LFDISQSLLR NVTFHGLRVQ GIRVGNAEVP NNKPLKTGLQ EVYGIGRRKS HQVLCHLGIT NKLARDLTGK ELIDLREEVG QHQHGDELRR 101: RVGSEIQRLV EVDCYRGSRH RHGLPCRGQR TSTNARTKKG KAVAIAGKKK APRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)