AT1G74960.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid biosynthesis 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plastidic beta-ketoacyl-ACP synthase II, involved in fatty acid elongation from 16:0-ACP to 18:0-ACP. Homozygous knock-out mutants are embryo lethal, indicating early embryo development is sensitive to elevated 16:0. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid biosynthesis 1 (FAB1); FUNCTIONS IN: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity, fatty acid synthase activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process, unsaturated fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta-ketoacyl synthase (InterPro:IPR000794), Thiolase-like (InterPro:IPR016039), Beta-ketoacyl synthase, C-terminal (InterPro:IPR014031), 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 (InterPro:IPR017568), Beta-ketoacyl synthase, N-terminal (InterPro:IPR014030), Thiolase-like, subgroup (InterPro:IPR016038), Beta-ketoacyl synthase, active site (InterPro:IPR018201); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I (TAIR:AT5G46290.1); Has 31012 Blast hits to 28002 proteins in 3663 species: Archae - 7; Bacteria - 21780; Metazoa - 495; Fungi - 2498; Plants - 402; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 5829 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28152564..28155948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57602.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 541 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGASSSYAS PLCTWFVAAC MSVSHGGGDS RQAVALQSGG RSRRRRQLSK CSVASGSASI QALVTSCLDF GPCTHYNNNN ALSSLFGSNS VSLNRNQRRL 101: NRAASSGGAM AVMEMEKEAA VNKKPPTEQR RVVVTGMGVE TSLGHDPHTF YENLLQGNSG ISQIENFDCS EFPTRIAGEI KSFSTEGWVA PKLSKRMDKF 201: MLYLLTAGKK ALADGGVTDE VMAEFDKTKC GVLIGSAMGG MKVFYDAIEA LRISYKKMNP FCVPFATTNM GSAMLAMDLG WMGPNYSIST ACATSNFCIL 301: NSANHIIKGE ADVMLCGGSD AVIIPIGLGG FVACRALSQR NNDPTKASRP WDTNRDGFVM GEGAGVLLLE ELEHAKKRGA TIYAEFLGGS FTCDAYHMTE 401: PHPDGAGVIL CIERALASAG ISKEQINYIN AHATSTHAGD IKEYQALAHC FGQNPELKVN STKSMIGHLL GAAGAVEAVA TVQAIRTGWV HPNINLENPD 501: SGVDTKLLVG PKKERLDIKA ALSNSFGFGG HNSSIIFAPY K |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)