AT1G65520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : delta(3), delta(2)-enoyl CoA isomerase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a peroxisomal delta3, delta2-enoyl CoA isomerase, involved in unsaturated fatty acid degradation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
delta(3), delta(2)-enoyl CoA isomerase 1 (ECI1); FUNCTIONS IN: carnitine racemase activity, catalytic activity, dodecenoyl-CoA delta-isomerase activity; INVOLVED IN: fatty acid catabolic process, metabolic process; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Crotonase, core (InterPro:IPR001753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 1 (TAIR:AT4G14440.1); Has 6860 Blast hits to 6860 proteins in 1261 species: Archae - 142; Bacteria - 4521; Metazoa - 587; Fungi - 178; Plants - 198; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1234 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24361171..24361893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25909.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 240 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCSLEKRDRL FILKLTGDGE HRLNPTLLDS LRSTINQIRS DPSFSQSVLI TTSDGKFFSN GYDLALAESN PSLSVVMDAK LRSLVADLIS LPMPTIAAVT 101: GHASAAGCIL AMSHDYVLMR RDRGFLYMSE LDIELIVPAW FMAVIRGKIG SPAARRDVML TAAKVTADVG VKMGIVDSAY GSAAETVEAA IKLGEEIVQR 201: GGDGHVYGKM RESLLREVLI HTIGEYESGS SVVRSTGSKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)